Μερικές φορές, ένα φορολογικό πρόστιμο δεν πέφτει από την ουσία της υπόθεσης αλλά από το λάθος της ίδιας της Εφορίας. Υποθέσεις που έφτασαν στη Διεύθυνση Επίλυσης Διαφορών δείχνουν ότι μια κακή αιτιολογία, μια άκυρη κοινοποίηση ή μια καθυστέρηση της διοίκησης μπορούν να ανατρέψουν βαριούς καταλογισμούς. Σε μία από αυτές, επιχείρηση βρέθηκε αντιμέτωπη με πρόστιμα 360.000 ευρώ για τέσσερις χρήσεις, επειδή ο έλεγχος θεώρησε ότι δεν παρέδωσε τα λογιστικά αρχεία που ζητήθηκαν. Η ΔΕΔ διαπίστωσε ότι οι ελεγκτές δεν εξήγησαν ποια στοιχεία έλειπαν ούτε γιατί τα χρειάζονταν για τον υπολογισμό του φόρου. Στον φάκελο υπήρχαν μάλιστα έγγραφα που η εταιρεία είχε ήδη στείλει σε προσωπικό email ελεγκτή.
Σε άλλη υπόθεση, ο καταλογισμός δεν άντεξε λόγω του τρόπου κοινοποίησης. Η υπηρεσία προχώρησε σε θυροκόλληση πράξεων χωρίς να έχει προηγηθεί η προβλεπόμενη ηλεκτρονική αποστολή. Η διαδικασία κρίθηκε μη νόμιμη και η υπόθεση οδηγήθηκε σε παραγραφή. Ιδιοκτήτης ταξί δικαιώθηκε επίσης, επειδή είχε ζητήσει έγκαιρα διακοπή εργασιών, αλλά η φορολογική διοίκηση απάντησε μετά από πέντε μήνες. Όταν τελικά προέκυψε ζήτημα με την παύση της φορολογικής μηχανής, του επιβλήθηκε πρόστιμο για εκπρόθεσμη ενέργεια. Η ΔΕΔ έκρινε ότι ο επαγγελματίας δεν μπορούσε να πληρώσει την καθυστέρηση της ίδιας της υπηρεσίας.
Ανάλογη ήταν και υπόθεση φόρου συγκέντρωσης κεφαλαίου, όπου ο φορολογούμενος είχε απευθυνθεί εγκαίρως στην ΑΑΔΕ μέσω της εφαρμογής Τα Αιτήματά μου. Η καθυστερημένη απάντηση της υπηρεσίας οδήγησε σε εκπρόθεσμη δήλωση και στη συνέχεια σε πρόστιμο, το οποίο ακυρώθηκε. Σημαντική ανατροπή καταγράφηκε και σε έλεγχο επιχείρησης με εκατοντάδες είδη αποθήκης. Οι ελεγκτές εξέτασαν μόλις δέκα είδη ανά χρήση και, από τις αποκλίσεις που βρήκαν, χαρακτήρισαν συνολικά αναξιόπιστο το λογιστικό σύστημα. Η ΔΕΔ έκρινε ότι τόσο μικρό δείγμα δεν αρκούσε χωρίς ειδική τεκμηρίωση, με αποτέλεσμα να ακυρωθεί το μεγαλύτερο μέρος των καταλογισμών.
Οι προσφυγές προς τη ΔΕΔ αυξήθηκαν έντονα, καθώς το 2025 κατατέθηκαν 10.492 έναντι 5.822 το 2024. Η αύξηση έφτασε το 80,2%, δείχνοντας ότι όλο και περισσότεροι φορολογούμενοι αμφισβητούν πράξεις της Εφορίας. Μέσα στο ίδιο έτος εκδόθηκαν 9.609 αποφάσεις, από τις οποίες 1.736 δικαίωσαν ολικά ή εν μέρει τους προσφεύγοντες και 7.835 απορρίφθηκαν. Η ΑΑΔΕ σχεδιάζει πλέον στενότερη παρακολούθηση των υποθέσεων που χάνονται στη ΔΕΔ, με καταγραφή των λόγων αποδοχής των προσφυγών. Οι θετικές και απορριπτικές αποφάσεις θα παρακολουθούνται ανά υπηρεσία, ώστε να εντοπίζονται οι έλεγχοι που ανατρέπονται και οι αιτίες πίσω από κάθε ακύρωση.