Οι διαφορές στα τετραγωνικά μπορούν πλέον να βγουν στην επιφάνεια και να βάλουν τους ιδιοκτήτες σε διαδικασία ελέγχου. Με την ενεργοποίηση του Μητρώου Ιδιοκτησίας και Διαχείρισης Ακινήτων, τα στοιχεία του Ε9 θα διασταυρώνονται με τις εγγραφές του Κτηματολογίου. Ο ιδιοκτήτης θα βλέπει το ακίνητο όπως εμφανίζεται στην Εφορία και δίπλα τα στοιχεία που τηρεί το Κτηματολόγιο. Στη συνέχεια θα πρέπει να συνδέσει τον ΑΤΑΚ του Ε9 με τον αντίστοιχο ΚΑΕΚ. Από αυτή τη σύνδεση μπορεί να προκύψουν αποκλίσεις στην επιφάνεια, χωρίς όμως να αλλάζουν αυτόματα τα δηλωμένα στοιχεία.
Αν το λάθος βρίσκεται στο Ε9, ο ιδιοκτήτης θα χρειαστεί να κάνει διόρθωση μέσα από την ειδική εφαρμογή της φορολογικής διοίκησης. Το Μητρώο δεν θα λειτουργεί ως εργαλείο αλλαγής των φορολογικών δηλώσεων, αλλά ως σημείο συγκέντρωσης και αντιστοίχισης των πληροφοριών. Όταν η απόκλιση προέρχεται από την κτηματολογική εγγραφή, η λύση δεν είναι να αλλοιωθεί το Ε9 για να ταιριάξουν οι αριθμοί. Σε αυτή την περίπτωση πρέπει να ακολουθηθεί η διαδικασία διόρθωσης στο Κτηματολόγιο, με τα δικαιολογητικά που απαιτούνται για κάθε υπόθεση. Ιδιαίτερη προσοχή χρειάζονται πολυκατοικίες με πολλές οριζόντιες ιδιοκτησίες και αγροτεμάχια, όπου οι διαφορές στις καταγραφές εμφανίζονται συχνότερα.
Το πιο ευαίσθητο ζήτημα αφορά όσους διαπιστώσουν ότι στο Ε9 έχουν δηλώσει μικρότερη επιφάνεια από την πραγματική. Οι μέχρι τώρα πληροφορίες δείχνουν ότι εξετάζεται να μην υπάρξει αναδρομική χρέωση ΕΝΦΙΑ για τα επιπλέον τετραγωνικά που θα δηλωθούν με τη διόρθωση. Για να εφαρμοστεί αυτό, χρειάζεται επίσημη ρύθμιση που θα ορίζει καθαρά τους όρους και τα χρονικά όρια. Η αντιστοίχιση θα συνοδεύεται και από δήλωση χρήσης του ακινήτου, δηλαδή αν ιδιοκατοικείται, μένει κενό, παραχωρείται, ενοικιάζεται ή αξιοποιείται με βραχυχρόνια μίσθωση. Στα μισθωμένα ακίνητα θα γίνεται επιβεβαίωση των ενεργών μισθώσεων, ενώ για κάθε διαφορά στα τετραγωνικά το πρώτο βήμα θα είναι να εντοπιστεί ποιο αρχείο χρειάζεται πραγματικά διόρθωση.