Η εκκαθάριση της φορολογικής δήλωσης μπορεί να εμφανίσει πιστωτικό αποτέλεσμα, αυτό όμως δεν σημαίνει ότι το αντίστοιχο ποσό θα κατατεθεί αυτομάτως και ολόκληρο στον τραπεζικό λογαριασμό του δικαιούχου. Πριν από κάθε πληρωμή, η ΑΑΔΕ εξετάζει αν υπάρχουν εκκρεμείς φορολογικές υποχρεώσεις και, εφόσον εντοπιστούν, προχωρά σε συμψηφισμό. Οι φορολογούμενοι που αναμένουν επιστροφή μπορούν να ελέγχουν την εξέλιξή της μέσω της ψηφιακής πύλης myAADE, χρησιμοποιώντας τους προσωπικούς τους κωδικούς Taxisnet. Στην ενότητα «Ο λογαριασμός μου» εμφανίζονται οι καταβολές, οι βεβαιωμένες οφειλές και τα ποσά που έχουν εγκριθεί προς επιστροφή. Μέσα από την καρτέλα «Επιστροφές» ο ενδιαφερόμενος μπορεί να διαπιστώσει αν το ποσό βρίσκεται υπό επεξεργασία, αν έχει εγκριθεί ή αν απαιτείται κάποια επιπλέον ενέργεια. Όταν δεν υπάρχουν εκκρεμότητες ή ανάγκη περαιτέρω ελέγχου, η πίστωση μπορεί να πραγματοποιηθεί σε σύντομο χρονικό διάστημα.
Η ολοκλήρωση της διαδικασίας, ωστόσο, ενδέχεται να χρειαστεί έως και 90 ημέρες από την υποβολή της δήλωσης. Ο χρόνος αναμονής διαφοροποιείται ανά περίπτωση και εξαρτάται από τα δηλωθέντα στοιχεία, τις διασταυρώσεις που πραγματοποιούνται και την ύπαρξη οφειλών προς τη φορολογική διοίκηση. Καθοριστικό ρόλο παίζουν τα χρέη προς την Εφορία. Αν υπάρχουν ληξιπρόθεσμες οφειλές, όπως απλήρωτες δόσεις ΕΝΦΙΑ ή άλλοι φόροι, η ΑΑΔΕ χρησιμοποιεί κατά προτεραιότητα την επιστροφή για την κάλυψή τους. Αν, για παράδειγμα, το επιστρεφόμενο ποσό είναι υψηλότερο από το χρέος, η οφειλή εξοφλείται και το υπόλοιπο κατατίθεται στον δικαιούχο. Αντίθετα, όταν η επιστροφή είναι μικρότερη, αφαιρείται από το συνολικό χρέος και δεν πραγματοποιείται πίστωση στον τραπεζικό λογαριασμό.
Απαραίτητη προϋπόθεση για την καταβολή οποιουδήποτε υπολοίπου είναι η δήλωση ενεργού και έγκυρου IBAN. Ένας λανθασμένος ή ανενεργός λογαριασμός μπορεί να μπλοκάρει ή να καθυστερήσει την πληρωμή, ακόμη και όταν η επιστροφή έχει ήδη εγκριθεί. Για την καταχώρηση ή την αλλαγή του λογαριασμού, ο φορολογούμενος συνδέεται στο myAADE, επιλέγει «Μητρώο & Επικοινωνία» και στη συνέχεια «Δήλωση Λογαριασμού IBAN». Εκεί συμπληρώνει τον αριθμό των 27 χαρακτήρων, ο οποίος για ελληνικούς λογαριασμούς αρχίζει από GR, και ολοκληρώνει την επιβεβαίωση. Όσοι περιμένουν χρήματα από την εκκαθάριση της δήλωσής τους είναι χρήσιμο να ελέγχουν παράλληλα την κατάσταση της επιστροφής, τον δηλωμένο τραπεζικό λογαριασμό και τις πιθανές εκκρεμείς οφειλές τους. Με αυτόν τον τρόπο θα γνωρίζουν αν το ποσό θα πιστωθεί κανονικά ή αν θα κατευθυνθεί πρώτα στην εξόφληση χρεών.