Η άδεια άνευ αποδοχών δεν είναι μια απλή εσωτερική συνεννόηση εργοδότη και εργαζομένου. Χρειάζεται σωστή καταγραφή, έγκαιρες δηλώσεις και συμφωνία των στοιχείων σε ΕΡΓΑΝΗ, e-ΕΦΚΑ και Ψηφιακή Κάρτα Εργασίας. Διαφορετικά, μια τυπική παράλειψη μπορεί να δημιουργήσει πρόβλημα σε έλεγχο.
Το διάστημα κατά το οποίο ο εργαζόμενος βρίσκεται σε άδεια άνευ αποδοχών υπολογίζεται για τη θεμελίωση και τον προσδιορισμό της ετήσιας κανονικής άδειας. Με άλλα λόγια, η απουσία χωρίς αποδοχές δεν αφαιρείται από τον χρόνο που λαμβάνεται υπόψη για τις ημέρες κανονικής άδειας που δικαιούται ο εργαζόμενος.
Ο εργοδότης πρέπει να ενημερώνει τις αρμόδιες υπηρεσίες του e-ΕΦΚΑ για την άδεια άνευ αποδοχών που έχει συμφωνηθεί. Η ασφαλής πρακτική είναι η γνωστοποίηση να γίνεται πριν ξεκινήσει η άδεια και να διατηρείται αποδεικτικό κατάθεσης. Έτσι η επιχείρηση μπορεί να αποδείξει, αν ζητηθεί, ότι ο εργαζόμενος δεν απασχολήθηκε στο συγκεκριμένο διάστημα και ότι η απουσία του είχε συμφωνηθεί νόμιμα.
Στο Π.Σ. ΕΡΓΑΝΗ η άδεια άνευ αποδοχών δηλώνεται απογραφικά, όπως δηλώνονται και άλλες απουσίες, για παράδειγμα η ασθένεια ή η κανονική άδεια. Η δήλωση πρέπει να γίνει μέσα στον επόμενο ημερολογιακό μήνα από εκείνον στον οποίο χορηγήθηκε η άδεια. Η υποχρέωση ισχύει για όλες τις επιχειρήσεις, είτε εφαρμόζουν Ψηφιακή Κάρτα Εργασίας είτε όχι.
Η μη υποβολή της σχετικής δήλωσης μέσα στην προθεσμία θεωρείται παράβαση. Το ίδιο προσεκτική πρέπει να είναι η επιχείρηση και στις περιπτώσεις αδικαιολόγητης απουσίας. Αν εργαζόμενος φύγει νωρίτερα, προσέλθει καθυστερημένα ή λείψει για μία ή περισσότερες ημέρες χωρίς κάλυψη από προβλεπόμενη άδεια, ο εργοδότης μπορεί να προχωρήσει σε αντίστοιχη περικοπή αποδοχών.
Η περικοπή όμως δεν αρκεί να προκύπτει μόνο από την Ψηφιακή Κάρτα Εργασίας. Πρέπει να εμφανίζεται καθαρά και στο εκκαθαριστικό μισθοδοσίας, με αιτία τη συγκεκριμένη απουσία. Με αυτόν τον τρόπο αιτιολογείται και η μη καταβολή εισφορών για τον χρόνο που δεν παρασχέθηκε εργασία.
Οι δηλώσεις στο ΕΡΓΑΝΗ πρέπει να συμφωνούν με τα στοιχεία της Ψηφιακής Κάρτας. Μια ημέρα δεν μπορεί να εμφανίζεται ταυτόχρονα ως κανονική άδεια και ως ημέρα παρουσίας στην εργασία. Η ίδια προσοχή χρειάζεται και στην κατάτμηση της ετήσιας άδειας, ώστε να τηρούνται οι κανόνες της εργατικής νομοθεσίας.